במקביל לפינוי מהאתר המרכזי, מתקן הביניים עובד במלוא התיק על מיון ועיבוד הפסולת. יצרו קווי מיון נפרדים לכל סוג פסולת – מתכות, פלסטיקים, חומרים מסוכנים, פסולת אורגנית, חומרי בנייה. השתמשו בציוד מכאני למיון – מגנטים למתכות, מכונות אופטיות לפלסטיקים, מסננות לגדלים שונים. הציבו מומחים שמכירים כל סוג של פסולת תעשייתית ויודעים להחליט על הטיפול הנכון. יצרו מערכת תיוג מפורטת עם ברקודים לכל קונטיינר ומשלוח. תעדו הכל במערכת מחשבים – מה הגיע, מתי, מאיפה, לאן נשלח, במה סוג של משאית. המיון המתקן הביניים הוא שמאפשר למכור חומרי גלם בכמויות גדולות ולקבל מחירים טובים, ולעמוד בכל הדרישות הסביבתיות והמשפטיות. זה גם המקום שבו מתגלות לפעמים הזדמנויות עסקיות – חומרי גלם יקרים, מתכות נדירות, או ציוד שעדיין בר שימוש.